A német megszállás, 1944. március 19. után Horthy Miklós, mint államfő a helyén maradt. Ezzel gyakorlatilag legalizálta a nácik bevonulását, és mindazt, ami ezután következett. Igaz, a közügyektől távol tartotta magát, a törvények ellenjegyzését is megtagadta, a kormány rendeletekkel kormányzott. A jobbik rossz? Ő maga így magyarázta: „Tisztában voltam vele, hogy lemondásom nemcsak Magyarország megszállását nem akadályozza meg, hanem még jó alkalmat is ad Hitlernek arra, hogy százszázalékosan náci-nyilaskeresztes irányú kormányt ültessen nyeregbe”. Úgy gondoltam, hogy amíg helyemen maradok … nem vonhatják el parancsnokságom alól a honvédhadsereget és nem olvaszthatják be egyszerűen a német véderőbe. … a nyilaskeresztesek hatalomra segítését is aligha kockáztathatják, akiknek uralma hazánkban nemcsak számtalan magyar hazafi, hanem 800 000 zsidó és több tízezer menekültpusztulását is jelentené. Ettől függetlenül a következő hónapokban 430 ezer magyar zsidót deportáltak. A kormányzó csak erős nyugati nyomásra lépett közbe június elején katonai erő felvonultatásával megakadályozta a budapesti zsidók elszállítását. Ő maga úgy tudta, 170 ezer zsidó élt akkor a fővárosban, és további 110 ezren bujkáltak itt keresztény barátaiknál. Emlékirataiban úgy fogalmazott, hogy amint értesült a gázkamrák létezéséről, azonnal megpróbált cselekedni, ám „Budapesten és környékén kívül semmilyen eszközzel sem rendelkeztem, amellyel a németek és a belügyminisztérium közös tevékenységét keresztezhettem volna” – írta. Elárulták a kiugrást 1944 augusztusában Románia és Bulgária is kiugrott a háborúból, az ezt követő kapkodást Horthy egy hozzá hű kormány kinevezésére használta fel, és titkos fegyverszüneti tárgyalásokat kezdett a Szovjetunióval. A honvédség sok vezetője viszont inkább a németekhez volt lojális. A Gestapo az árulók révén jólinformált volt, a kulcsfigurák kikapcsolásával – Bakay Szilárd, majd ifjabb Horthy Miklós elrablásával – az első perctől fogva kézben tartotta a magyarországi eseményeket. A kormányzót szorította a szovjetek által rövidre szabott idő, október 15-én, fél 11-kor a koronatanácsban bejelentette fegyverszüneti szándékát. Délben Veesenmayerrel tárgyalt a háború befejezéséről, a rádióban pedig fél egy után háromszor is beolvasták felhívását: Elhatároztam, hogy a magyar nemzet becsületét megőrzöm a volt szövetségessel szemben is, midőn az a kilátásba helyezett megfelelő katonai segítség helyett a magyar nemzetet legnagyobb kincsétől, szabadságától, függetlenségétől akarja végleg megfosztani. Ezért közöltem a Német Birodalom itteni képviselőjével, hogy eddigi ellenfeleinkkel előzetes fegyverszünetet kötünk, s velük szemben minden elleségeskedést beszüntetek. Bízva igazságérzetükben, velük egyetértésben kívánom a nemzet jövő életének folytonosságát és békés céljainak megvalósítását biztosítani. Az államfő gyakorlatilag még a németekkel tárgyalt, amikor a nácibarát katonai vezetők már vissza is vonták a parancsot, és felszólították a katonákat a szovjetek elleni harc folytatására. Délután két óra körül a kiugrás ügye gyakorlatilag már elbukott, a németek és az őket támogató nyilas fegyveres osztagok pedig – a Páncélököl-hadművelet keretében – fokozatosan megszállták Budapest stratégiai fontosságú pontjait.
