A nemi átalakítás napjainkban egyre gyakoribb. Az eljárás igen hosszadalmas, és bár a műtét csupán egy része az átalakításnak, mégis talán ez a legfontosabb. Az Európai Urológus Társaság animációt készített a beavatkozásról. A nemi átalakító műtét igen komoly beavatkozás, ezért nem kevés sebészi tapasztalat szükséges a végrehajtásához. Az Európai Urológus Társaság animációja részletesen mutat be egy férfit nővé alakító operációt. A beavatkozás végén a nemi szerv nemcsak külsejében hasonlít egy vaginára, hanem akár orgazmust is el lehet vele érni. Az általános gyakorlat szerint a műtéten nem eshet át akárki, komoly vizsgálatokon kell megfelelni a kritériumoknak. A páciensnek először két pszichológiai teszten kell átmennie, mielőtt a sebészek megállapítanák, egyáltalán alkalmas-e fizikailag is a beavatkozásra. Az is elvárás, hogy a kezelés alatt álló személy minimum 18 hónapig éljen nőként, 12 hónapig kapjon hormonkezelést, és hivatalosan is változtassa meg a keresztnevét valamilyen női névre. Maga a műtét a herezacskó felnyitásával és a herék eltávolításával kezdődik. Ezután a makkot különítik el, hogy később ezt formálják át csiklóvá, mivel ez a péniszben a legtöbb idegvégződést tartalmazó rész. A pénisz belsejének nagy részét eltávolítják, a herezacskó és a pénisz bőréből készítik a szeméremajkakat és a hüvely belsejét. A páciensek jelentős része a műtét után aktív és kielégítő szexuális életet élhet. Az átalakítás ezzel nem ér véget. A műtét után a páciens további hormonterápiát kap, hogy megváltozzon az izomzata, zsíreloszlása és szőrzetmennyisége, így az alany külsejében is nőiesebbé válhat.
